Výukové metody odpovídají cíli studia MBA vychovávat vrcholové řídící pracovníky. Manažerská práce není funkce, ale profese se speciálním postgraduálním vzděláváním, které musí umožnit uplatnění v různých oborech a odvětvích ekonomiky. Studium MBA má přinést osvojení manažerských vědomostí a obohacení vlastních zkušeností spoluprací s ostatními studenty. Jedná se o velmi náročný a  interaktivní program výuky.

Hlavními pedagogickými nástroji jsou kombinace přednášek, případových studií, týmových diskusí, řešení individuálních či týmových projektů a  esejí. Velký důraz je kladen na týmovou práci, tvůrčí metody a týmovou diskusi. Úspěšnost těchto metod vyžaduje u účastníků studia předchozí několikaletou praxi v oboru.

Vedle výkladu teoretických poznatků je tedy maximálně využívána interpersonální komunikace, aby se docílilo synergického efektu vyplývajícího z týmové práce manažerů různých zaměření. Průběžné sdílení zkušeností z manažerské práce v různých podnicích v republice i jiných státech v případových studiích je základem obohacení praktické složky výuky. Významnou metodickou složku výuky představuje realizace miniprojektu a závěrečného projektu a jejich veřejná obhajoba. Jejich cílem je analýza vybraného problému z oblasti managementu a návrhu jeho praktického řešení.

PIBS využívá členství v European Foundation For Managament Studies (EFMD) k uplatnění mezinárodních zkušeností ve změnách obsahu, forem i metod výuky směrem ke globalizaci, využití moderních informačních a  komunikačních technologií, diverzifikace nabídky manažerského studia do  netradičních oblastí a v neposlední řadě formy mezinárodní spolupráce škol stejného zaměření . Dlouhodobě úzce spolupracuje s MMU při výměně studentů a učitelů a dále při organizaci společných studijních pobytů např. do Číny. PIBS se tak snaží reagovat na stále rychleji se měnící konkurenční prostředí a tím i požadavky na nový typ moderních vrcholových manažerů.

Krizová sociálně-ekonomická situace ve světě i v ČR vyžaduje, aby na ni včas a vhodným způsobem reagovaly i  manažerské školy s výukou MBA. Výzvou je, aby studium napomáhalo řešení vznikajících i očekávaných problémů.
Pozornost pedagogů i studentů PIBS se nyní ve zvýšené míře orientuje na  předměty, jež jsou nezbytné pro řešení úkolů spojených s propady zakázkové náplně, nedostatkem disponibilních finančních zdrojů, poklesem hospodářských výsledků a rostoucím sociálním napětím v podnicích i v celé společnosti. Ve výuce se do popředí dostávají doporučení k řízení krizových změn, proaktivní metody strategického managementu a pružného taktického řízení, rozhodování v podmínkách rizika a neurčitosti, „lídrovské“ vedení spolupracovníků, řízení poruch v dodavatelských a  odběratelských řetězcích, umění spolupráce s partnery.
Cílem úprav výuky je včas připravit studující i absolventy manažerských kurzů PIBS jak na výzvy současné krize, tak na budoucí práci v kvalitativně nových podnikatelských podmínkách pokrizového období. V pedagogickém procesu se zejména osvědčily úpravy programů výuky dle přání posluchačů a zvyšování internacionalizace studia. Např. řízení rizik v rámci správy společností je vyučováno ve spolupráci s Manchester Metropolitan University, se kterou má PIBS dlouhodobé partnerství. Výuku řízení krizových změn doplňují poznatky z  německé průmyslové praxe, názory na změny stylů manažerské práce v  krizovém řízení jsou porovnávány s poznatky kolegů z Keplerovy university v rakouském Linci apod. Podstatné je, že posluchači PIBS aktualizaci svého MBA studia kladně oceňují.

Především na řadě svých úspěšných absolventů, kteří dnes pracují v širokém spektru nejvyšších manažerských funkcí v podnikatelské i nevýrobní sféře či veřejné a  státní správě, PIBS přesvědčivě prokazuje, že je zárukou špičkového kvalitního manažerského vzdělání.